Действие фильма разворачивается на огромном звездолете, летящем в глубоком космосе, где царит холодный металл, мерцание неработающих панелей и гул вышедших из строя систем. Два члена экипажа просыпаются из длительного гиперсна, не помнят ни своего имени, ни цели полета, ни сколько времени они были в анабиозе — связь с Землей отсутствует, все бортовые компьютеры не отвечают, а вокруг только...
Действие разворачивается в XXVII веке, когда Земля осталась непригодной для жизни после масштабной экологической катастрофы, а выжившие люди живут на переполненных орбитальных станциях. Молодой врач Лаура Портман мечтает покинуть тесные и опасные модули и переехать на колонизированную планету Рея, но для этого ей не хватает средств.
В мире, пережившем глобальную катастрофу в виде смертельного вируса, выжившие люди живут в закрытом городе под защитным куполом, который охраняет авторитарное правительство во главе с видным политиком Тревором Гудчайлдом. В этом закрытом пространстве действует таинственная агент Эон Флакс, чьи истинные мотивы долго остаются неясными для окружающих, а её главная цель — разоблачить заговор,...