Сиквел семейного приключенческого фильма «Путешествие к центру Земли» переносит зрителей в мир, где реальность переплетается с фантастическими загадками. История начинается с того, что юный Шон Андерсон получает закодированный сигнал, который указывает на местонахождение некоего таинственного острова, не отмеченного ни на одной географической карте.
События фильма разворачиваются в Америке сразу после убийства президента Авраама Линкольна в 1865 году. Власти хотят как можно быстрее закрыть громкое дело, и главной подозреваемой становится Мэри Сарретт — владелица гостиницы, в которой останавливался один из участников заговора. Общественность требует жестокого наказания, и даже близкие отворачиваются от женщины, которая настаивает на своей...