Действие картины разворачивается в Германии XVI века, когда по всей территории страны бушуют религиозные войны и эпидемия чумы, а повседневная жизнь людей пронизана страхом перед инквизицией и массовыми суевериями. Юный сирота Бальтазар Кобер попадает под опеку учителя, сведущего в кабалистике и алхимии — с этих пор каждый день мальчика наполняется событиями, которые порой невозможно отличить...
