Четвертая часть культовой франшизы про неуязвимых военных, прошедших специальную программу модификации, возвращается к зрителям с более мрачным и напряженным сюжетом, чем предыдущие ленты. В центре истории — Джон Пибоди, который после долгой комы приходит в себя в больнице, не помня почти ничего о последних годах своей жизни.
После событий первой части Нео все больше осознает свою уникальную роль в противостоянии людей и машин, а его команда получает критическую информацию: единственный шанс спасти остатки человечества, скрывающиеся в подземном городе Зион, — проникнуть в самое сердце Матрицы и найти ключ к доступу к источнику энергии машин.