Картина основана на реальных событиях и рассказывает историю Тэмми Фэй Беккер — одной из самых ярких и противоречивых фигур американского евангелистского движения второй половины XX века. Вместе с мужем Джимом Беккером она с середины 1970-х годов вела популярную христианскую телепередачу, которая за несколько лет превратилась в масштабный медиапроект с аудиторией в миллионы человек по всей стране.
После событий первой части Нео все больше осознает свою уникальную роль в противостоянии людей и машин, а его команда получает критическую информацию: единственный шанс спасти остатки человечества, скрывающиеся в подземном городе Зион, — проникнуть в самое сердце Матрицы и найти ключ к доступу к источнику энергии машин.