Манхэттен, наши дни: за обыденной суетой мегаполиса скрывается мир магии, где столетиями идет война между светлыми и темными силами. Могущественный чародей Бальтазар Блэйк, известный как последний из защитников города, наконец нашел того, кого искал долгие годы — обычного студента колледжа Дэйва, который случайно получил доступ к древнему артефакту, способному увеличить магическую силу...
Жизнь главных героев мультфильма сильно изменилась за время, прошедшее с предыдущих частей: мамонт Манфред и его подруга Элли готовятся к рождению первого детёныша, а саблезубый тигр Диего задумывается, не потерял ли он свою былую свирепость, постоянно общаясь с мирными обитателями ледникового мира.