Действие картины разворачивается в Германии XVI века, когда по всей территории страны бушуют религиозные войны и эпидемия чумы, а повседневная жизнь людей пронизана страхом перед инквизицией и массовыми суевериями. Юный сирота Бальтазар Кобер попадает под опеку учителя, сведущего в кабалистике и алхимии — с этих пор каждый день мальчика наполняется событиями, которые порой невозможно отличить...
Двое молодых мужчин, Альберт и Максимилиан, добровольно соглашаются стать участниками смелого научного эксперимента под руководством профессора Куппельвайзера: они должны были замерзнуть на три года, чтобы потом проснуться в обновленном мире. Но из-за сбоя в работе оборудования их разморозили не через три года, а спустя полвека — в 2044 году, когда на планете произошли кардинальные изменения.