Перед зрителями разворачивается напряженная история, которая начинается как обычный семейный отпуск на роскошной яхте у испанских берегов. Молодой Уилл Шоу проводит время с отцом, матерью и сестрой, пытаясь отвлечься от накопившихся проблем и наладить отношения с родными, которые давно занимают второе место после его карьеры и личных неурядиц.
После событий первой части Нео все больше осознает свою уникальную роль в противостоянии людей и машин, а его команда получает критическую информацию: единственный шанс спасти остатки человечества, скрывающиеся в подземном городе Зион, — проникнуть в самое сердце Матрицы и найти ключ к доступу к источнику энергии машин.