Во время Второй мировой войны в американских вооруженных силах действовал негласный запрет на допуск чернокожих солдат к боевым заданиям, и многие талантливые пилоты годами не могли получить возможность летать на фронте. Одна группа молодых летчиков, прошедшая строгую подготовку на военных базах, решает не смириться с несправедливостью и бороться за право участвовать в защите своей страны.
1943 год, разгар Второй мировой войны, на Сицилии во время выполнения боевого задания погибает командир экипажа тяжелого бомбардировщика B-17, известного среди летчиков как «Летающая крепость» за усиленную броню и мощное оборонительное вооружение. Вместо погибшего на его место отправляют молодого пилота, только что закончившего школу и не имеющего ни одного реального боевого вылета.
После событий первого фильма четыре брата-черепашки-ниндзя — Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль — продолжают скрываться в канализационных системах Нью-Йорка, сочетая тренировки с защитой города от преступников и столкновениями с бойцами клана Футов под руководством безжалостного Шредера, который не оставляет надежды захватить власть над мегаполисом.