Послевоенный Токио 1945 года — город в руинах, жители пытаются собрать жизнь по осколкам после бомбардировок. Камикадзе Коити Сикисима, переживший гибель родителей и собственный провал в последние дни войны, возвращается в столицу и пытается найти хоть какое-то место в новом мире, где не осталось почти ничего привычного.
Аниме «5 сантиметров в секунду» — одна из первых полнометражных работ режиссёра Макото Синкая, получившего широкую известность благодаря проектам «Твоё имя» и «Небо цвета ветра». Проект строится на трёх отдельных историях, связанных общим главным героем и общей темой неосуществлённых чувств, которые остаются с человеком на всю жизнь.