После событий первого фильма четыре брата-черепашки-ниндзя — Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль — продолжают скрываться в канализационных системах Нью-Йорка, сочетая тренировки с защитой города от преступников и столкновениями с бойцами клана Футов под руководством безжалостного Шредера, который не оставляет надежды захватить власть над мегаполисом.
