На побережье северной Австралии надвигается мощный тропический циклон, местные власти рекомендуют всем жителям срочно эвакуироваться из прибрежных зон. Молодая пара, недавно переехавшая в новый дом у самого океана, решает остаться, чтобы закончить ремонт и насладиться редким уединением, пока за стенами не начнется буря.
После событий первой части Нео все больше осознает свою уникальную роль в противостоянии людей и машин, а его команда получает критическую информацию: единственный шанс спасти остатки человечества, скрывающиеся в подземном городе Зион, — проникнуть в самое сердце Матрицы и найти ключ к доступу к источнику энергии машин.