После относительно спокойного периода, когда четыре черепашки-ниндзя Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль приспособились к жизни в подвале Нью-Йорка и скрытно защищали город от мелких преступников, их размеренное существование рушится в одночасье: оказывается, закулисный покровитель Шреддера, профессор Стокман, разработал портал, с помощью которого злодей планирует сбежать во время...
В полдень над крупным аэропортом небо внезапно озаряется неожиданной мощной световой вспышкой, после чего выходят из строя все навигационные приборы. Два пассажирских лайнера, летящие на одной высоте и почти на одной траектории, оказываются на пути к неизбежному столкновению, которое должно унести жизни сотен людей.