Один из самых неоднозначных проектов режиссера Джона Лафиа, который умело сочетает элементы сразу нескольких жанров, не давая зрителю расслабиться на протяжении всего просмотра. Сюжет разворачивается вокруг тележурналистки Лори, которая под видом обычного репортажа проникает на закрытую территорию фармацевтической корпорации, проводящей тайные генетические эксперименты над животными.
После событий первого фильма четыре брата-черепашки-ниндзя — Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль — продолжают скрываться в канализационных системах Нью-Йорка, сочетая тренировки с защитой города от преступников и столкновениями с бойцами клана Футов под руководством безжалостного Шредера, который не оставляет надежды захватить власть над мегаполисом.